Со времени событий, описанных в фильме «[[Идентификация Борна (фильм, 2002)|Идентификация Борна]]», прошло почти три года. [[Джейсон Борн]] со своей подругой из первого фильма Марией живут в штате [[Гоа]] в [[Индия|Индии]]. Борна преследуют воспоминания об убийстве в берлинском отеле. Тем временем в Берлине проходит операция ЦРУ. Памела Лэнди хочет получить за 3 миллиона долларов так называемые «файлы Невского» — документы, которые должны пролить свет на кражу 20 миллионов долларов из ЦРУ, совершенную несколькими годами ранее. Но операция проваливается. Киллер Кирилл убивает агента и «купца» и похищает документы с деньгами, чтобы передать их русскому олигарху Юрию Греткову, на которого он работает. При этом на взрывном устройстве, повредившем силовой кабель в отеле, он специально оставляет отпечатки пальцев Борна. Затем, прибыв в Гоа, Кирилл пытается убить Борна. Борн «вычисляет» чужака, и ему удается уйти, но при этом от руки Кирилла (выстрел из снайперской винтовки) погибает Мария. Кирилл же уверен, что убил Борна, то есть выполнил заказ. Борн отправляется в Неаполь, чтобы выяснить, почему ЦРУ вновь его преследует. Лэнди обнаруживает, что отпечатки пальцев на взрывном устройстве совпадают с отпечатками одного из агентов проекта «Тредстоун». Руководитель проекта Вард Эбботт рассказывает, что российский политик Владимир Невский должен был объявить похитителя 20 миллионов долларов, когда был убит вместе с женой в берлинском отеле. Лэнди и Эбботт отправляются в Берлин. По прибытии в [[Неаполь]] Борна задерживают. Во время допроса сотрудником посольства США, Борн нападает на него, копирует его [[SIM-карта|SIM-карту]] и, подслушав разговор сотрудника с Лэнди, узнаёт, что та хочет найти Борна и что он подозревается в нескольких убийствах. В [[Мюнхен]]е Борн находит бывшего агента проекта «Тредстоун» Ярду. Ярда сообщает, что проект закрыт. После начавшейся борьбы Борн вынужден убить Ярду. В Берлин Лэнди и Эбботт привозят Ники Парсон, которая в проекте «Тредстоун» отвечала за здоровье агентов. Борн следит за Лэнди, уверенный, что это она организовала покушение в Гоа. Выторговав у ЦРУ встречу с Ники, он расспрашивает её об убийствах в берлинском отеле «Брекер». Ники говорит, что первая операция Борна была в Женеве, и она ничего не знает про убийство в Берлине. Лэнди через систему подслушивания слышит этот разговор и начинает думать, что Борн невиновен. После визита в отель «Брекер» Борн вспоминает свою миссию — это он убил супругов Невских. Борн приходит к Эбботу, который сознаётся, что он вместе с Гретковым причастен к похищению денег. Покушение в Гоа тоже организовано им. Борн записывает его признание на диктофон, чтобы передать запись Лэнди. Когда Лэнди приходит в номер к Эбботу, он стреляет себе в голову. Борн отправляется в Москву, чтобы найти дочь супругов Невских. Кирилл преследует Борна и в ходе автомобильной погони погибает. Борн добирается до квартиры, где живёт дочь Невских, и рассказывает ей всю правду о смерти родителей, после чего уходит. Юрия Греткова арестовывают. Спустя некоторое время Борн звонит Лэнди, находящейся в [[Нью-Йорк]]е. Она благодарит его за запись и сообщает ему его настоящее имя.